Располагается в деревянном здании бывшего родильного дома, перевезённого из соседнего села Погорелка. В Погорелку же, согласно одной из легенд, это здание было перенесено из Мологского района в конце 1930-х годов, перед затоплением его Рыбинским водохранилищем. Здесь представлено более 300 предметов и материалов, рассказывающих о древних морях и озёрах, которые существовали здесь сотни тысяч лет назад, о затопленных Мологском крае и селе Коприне, о строительстве гидроузла и о современной жизни Рыбинского моря. Среди интересных экспонатов — модели речных судов кабестана и коноводки, которые использовались в этих местах на Волге задолго до создания Рыбинского водохранилища и которые иллюстрируют трудности судоходства в те времена. Также представлен уникальный макет плота мологжанина-переселенца. В музее демонстрируются кадры кинохроник 1930-х годов о строительстве гидроузла, а также документальные фильмы о прошлом и настоящем Рыбинского водохранилища. В музейном киоске представлена разнообразная сувенирная продукция.
